Gra polega na dopasowaniu elementów w grupy, w której co najmniej trzy z nich leżą obok siebie, w linii pionowej lub poziomej.  Bohaterem jest pingwin, który pobrudził układane przez nas elementy czarnym płynem. Na tle pojawiają się plamy i naszym celem jest je usunąć przesuwając bloczki tak, aby plamy zniknęły. Jest tylko jedna opcja, aby usunąć zabrudzenia. Musimy przesuwać tak, aby trzy klocki o tych samych kolorach znalazły się w linii poziomej lub pionowej. Kiedy już je tak ułożymy bloczki znikają, w efekt czego plamy również. Po usunięciu wszystkich plam, rundę uznajemy za zakończoną i przechodzimy do następnej. Aby nie było tak łatwo, każda runda ma określoną ilość ruchów. Kiedy skończą nam się one, wtedy rundę możemy uznać za przegraną i musimy zacząć od nowa. Gra Pengle wyróżnia się spośród podobnych gier tym, że tutaj nie chodzi o zdobycie jak największego poziomu, lecz o spełnienie konkretnych celów. Aby przejść do następnego poziomu nie wystarczy wykonanie założonego celu. Po prawej stronie mamy punkty, które po każdej rundzie przelicza nam ile gwiazdek dostajemy. Możemy wcale ich nie dostać (wtedy runda kończy się niepowodzeniem), albo dostaniemy od jednej do trzech gwiazdek. Punkty zdobywamy poprzez usuwanie zabrudzeń. Są też specjalne bonusy. Jeżeli ułożymy więcej niż 3 klocki wtedy dostajemy większą ilość punktów.